केरल में सबसे लोकप्रिय और बहुप्रतीक्षित नाव दौड़ प्रतिष्ठित नेहरू ट्रॉफी बोट रेस है, जो अलाप्पुझा की पुन्नमदा झील में प्रतिवर्ष आयोजित की जाती है। दौड़ को सबसे अलग बनाने वाली विशेषताओं में से एक यह है कि यह किसी भी अनुष्ठान या अभ्यास से जुड़ी नहीं है। इस बैकवाटर कौतुक की उत्पत्ति 1952 में हुई थी। इस दौड़ का आयोजन सबसे पहले भारत के तत्कालीन प्रधान मंत्री जवाहरलाल नेहरू के स्वागत के लिए किया गया था।
प्रधानमंत्री कोट्टायम पहुंचे थे और आयोजक उन्हें नाव से अलाप्पुझा लाना चाहते थे। उस यात्रा में उनका साथ देने के लिए सर्प नौकाओं, मोटर नौकाओं और अन्य छोटी नौकाओं की एक श्रृंखला तैयार की गई थी, जिससे नेता को कुट्टनाड क्षेत्र की विभिन्न विशेषताएं भी दिखाई जा सके । प्रधानमंत्री के लिए सर्प नौका रेस आयोजित करने का भी निर्णय लिया गया। पी.सी. अलेक्जेंडर कार्यक्रम के प्रभारी अधिकारी थे। नेहरू 22 दिसंबर, 1952 को अपनी बेटी इंदिरा और पोते-राजीव और संजय के साथ मनरोथुरुथु पहुंचे। वे कोच्चि से एक नाव पर पहुंचे थे।
फिर एक शानदार नाव दौड़ शुरू हुई जिसमें 9 नावों ने पानी में आग लगा दी। नावों - नादुभागम, नेल्सन, गोपालकृष्णन, पार्थसारथी, नेपोलियन, कवलम, चंबाकुलम, नेताजी और गियर रोड - ने डेढ़ किलोमीटर के रेस ट्रैक पर एक रोमांचक दौड़ में भाग लिया। प्रतियोगिता अंततः नादुभागम चुंडन ने जीती थी। प्रधानमंत्री इतने उत्साहित थे कि विजेता को ट्रॉफी सौंपने के बाद वह नादुभागम चुंदन में कूद पड़े। उन्हें अन्य नावों के साथ उस नाव पर ही अलाप्पुझा ले जाया गया।
नई दिल्ली वापस पहुंचने के बाद, नेहरू ने अपने स्वाक्षर के साथ एक रजत ट्रॉफी बनाने का आदेश दिया। यह तय किया गया कि दौड़ हर साल आयोजित की जाएगी और विजेताओं को इस ट्रॉफी से सम्मानित किया जाएगा, जिसे अंततः प्रधान मंत्री ट्रॉफी के रूप में जाना जाएगा। इसे केरल भेजा गया था। 1954 में, कैनाकारी मीनाप्पिल्ली बैकवाटर में पहली प्रधान मंत्री ट्रॉफी रेस आयोजित की गई थी। कवलम चुंडन प्रथम विजेता रहे। हालांकि इस क्षेत्र में प्रतिकूल मौसम की स्थिति के कारण, सालाना आयोजित होने वाली दौड़ के लिए एक बेहतर स्थान तय किया गया था और अलाप्पुझा में पुन्नमदा झील पर एक 1380 मीटर ट्रैक की पहचान की गई थी। फिनिशिंग पॉइंट में विशेष व्यवस्था की गई थी और तब से हर साल इस क्षेत्र में दौड़ आयोजित की जाने लगी। 2004 में एक मंडप का निर्माण किया गया और अब हर साल मेहमानों के लिए अस्थायी दीर्घाओं का निर्माण किया जाता है।
आज नेहरू ट्रॉफी बोट रेस केरल आने वाले पर्यटकों के लिए बेहतरीन आकर्षणों में से एक है।